Sejarah Undiksha berkaitan erat dengan sejarah pendidikan guru di Indonesia. Pada tahun 1950-an, di Indonesia didirikan Kursus B-I (baca B satu) dan B-II (baca B dua) yang bertugas mendidik calon guru SMTA. Terkait dengan kebijakan tersebut, pada tahun 1955 di Singaraja didirikan Kursus B-I Bahasa Indonesia yang kemudian ditambah dengan Kursus B-I Perniagaan pada tahun 1957. Selain lembaga pendidikan guru berupa kursus B-I dan BII, pemerintah juga mendirikan Perguruan Tinggi Pendidikan Guru (PTPG) di empat kota, yaitu Malang, Bandung, Batusangkar dan Tondano pada tahun 1954. Pada tahun 1958, PTPG diubah menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) dan menjadi bagian dari suatu Universitas. Menghindari adanya dualisme lembaga yang menangani masalah pendidikan guru, sejak 1 Januari 1960 semua kursus B-I dan B-II di Indonesia diintegrasikan ke dalam FKIP pada universitas terdekat.

Seirama dengan kebijaksanaan yang diambil pemerintah, sejak tanggal 1 Januari 1962, Kursus  B-I Bahasa Indonesia dan Kursus B-I Perniagaan Singaraja dijadikan FKIP Cabang Universitas Airlangga Surabaya. Kebijakan tersebut tidak berlangsung lama karena sejak di buka Universitas Udayana Denpasar pada tanggal 9 Agustus 1962, FKIP Cabang Universitas Airlangga dilepas dari Universitas Airlangga dan selanjutnya diintegrasikan ke Universitas Udayana menjadi FKIP Univerisitas Udayana.

Keberadaan FKIP sebagai lembaga yang menangani masalah pendidikan guru mendapat tandingan dari kelompok orang yang mendirikan lembaga Pendidikan guru dengan nama Institut Pendidikan Guru (IPG). Menghindari hal-hal yang tidak diinginkan, Presiden Soekarno mengambil kebijakan dengan mengintegrasikan FKIP dan IPG menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) berdasarkan Surat Keputusan Presiden No.1 Tahun 1963. Berpijak dari SK Presiden No.1 Tahun 1963, tahun itu juga FKIP Universitas Udayana dilepas dan diintegrasikan pada IKIP Malang, menjadi  IKIP Malang Cabang Singaraja.

IKIP Malang Cabang Singaraja temyata hanya bertahan sekitar lima tahun karena tahun 1968 IKIP Malang Cabang Singaraja kembali diintegrasikan ke Universitas Udayana 10 menjadi dua fakultas, yaitu Fakultas Keguruan (FKg) dan Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP). Langkah ini diambil karena adanya kebijakan pemerintah untuk mengintegrasikan kembali semua IKIP Cabang di Indonesia ke Universitas atau Institut Negeri terdekat, yang tertuang pada SK Dirjen Perguruan Tinggi No. l61 Tahun 1967. Sampai dengan tahun 1979, Fakultas Keguruan Universitas Udayana memiliki 9 (sembilan) jurusan, yaitu: 1) Jurusan Pendidikan Bahasa Indonesia, 2) Jurusan Pendidikan Bahasa Inggris, 3) Jurusan Pendidikan Matematika, 4) Jurusan Pendidikan Fisika, 5) Jurusan Pendidikan Biologi, 6) Jurusan Pendidikan Ekonomi, 7) Jurusan Pendidikan Sejarah, 8) Jurusan Pendidikan Geografi, dan 9) Jurusan Civic/Hukum. Pada tahun 1980 Fakultas Keguruan menambah satu jurusan lagi, yaitu Jurusan Pendidikan Kimia. Sementara itu, pada waktu yang sama, Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP) Universitas Udayana mengelola 2 (dua) jurusan, yaitu Jurusan Bimbingan dan Penyuluhan (BP) dan Jurusan Pedidikan Luar Sekolah (PLS).

Mengacu pada kebijakan baru pemerintah untuk menata kembali Universitas dan Institut Negeri Indonesia yang tertuang pada PP No. 5 Tahun 1980, PP No. 27 tahun 1981, dan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0174/0/1983, berdasarkan Keppres RI  Nomor 62 tahun 1982 pada tanggal 12 Februari 1983, Fakultas Keguruan (FKg) dan Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP) Universitas Udayana dilebur menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) Universitas Udayana.

Dengan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 8 Tahun 1993 tanggal 16 Januari 1993 secara resmi dinyatakan perubahan status FKIP Universitas Udayana menjadi Sekolah Tinggi Keguruan dan llmu Pendidikan (STKIP) Singaraja. Melalui perjuangan yang cukup panjang untuk melaksanakan rencana perluasan mandat dan melalui studi kelayakan tentang usulan perubahan institusi dari STKIP menjadi universitas, akhirnya berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 19 Tahun 2001 tertanggal 5 Februari 2001, STKIP Singaraja disetujui berubah menjadi Institut Keguruan dan llmu Pendidikan (IKIP) Negeri Singaraja. Perkembangan besar di institusi ini terjadi setelah diterbitkan Perpres No. 11 Tahun 2006 tanggal 11 Mei 2006 tentang perubahan status IKIP Negeri Singaraja menjadi Universitas Pendidikan Ganesha (Undiksha). Berdasarkan sejarah perkembangan tersebut, selanjutnya ditetapkan tanggal surat keputusan perubahan FKIP Universitas Udayana menjadi STKIP Singaraja sebagai hari lahir Undiksha karena tanggal tersebut menjadi catatan awal Undiksha menjadi perguruan tinggi 11 mandiri. Oleh karena itu, hari jadi Undiksha diperingati setiap tahun, yaitu pada setiap tanggal 16 Januari (Undiksha, 2017). Fakultas-fakultas yang dimiliki Undiksha saat ini adalah 1) Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP), 2) Fakultas Hukum dan Ilmu Sosial (FHIS), 3) Fakultas Bahasa dan Seni (FBS), 4) Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (MIPA), 5) Fakultas Teknik dan Kejuruan (FTK), 6) Fakultas Olahraga dan Kesehatan (FOK), dan 7) Fakultas Ekonomi (Permenristekdikti No. 14 Tahun 2016).

Jumlah program studi yang dimiliki oleh Undiksha saat ini, yaitu sebanyak 56 program studi, mencerminkan jumlah bidang ilmu pengetahuan yang dikembangkan di Undiksha saat ini. Jadi, saat ini Undiksha mengembangkan 56 bidang ilmu (keilmuan) yang tersebar mulai dari jenjang diploma (D3), sarjana strata satu (S1), sarjana strata dua (S2) atau magister, dan sarjana strata tiga (S3) atau doktor. Jumlah tenaga pendidik (dosen) dengan status PNS yang dimiliki oleh Undiksha sampai saat ini (tahun 2025) adalah sebanyak 502 orang. Dosen dosen tersebut memiliki latar belakang pendidikan formal magister (S2) dan doktor (S3) dalam beragam bidang ilmu dan keahlian. 

FHIS Undiksha secara historis tidak dapat dipisahkan dari sejarah Undiksha yang telah eksis sejak tahun 1957. Eksistensi fakultas ini tidak dapat dilepaskan pula dari sejarah kebutuhan guru di Indonesia. Tidak berselang lama, pada Tahun 1968 IKIP Malang Cabang Singaraja diintegrasikan kembali ke UNUD dan terbentuk dua fakultas, yaitu: Fakultas Keguruan (FKg) dengan salah satunya ada jurusan Pendidikan IPS dan Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP). Pada saat itu jurusan Pendidikan IPS yang bernaung di bawah FKg telah memiliki empat program studi, yaitu: Ekonomi/Koperasi, Civic/Hukum, Sejarah, dan Geografi. Pada Tahun 1983, melalui kekuatan hukum Keppres RI No. 62 Tahun 1982 tertanggal 12 Pebruari 1983 kedua fakultas tersebut dilebur kembali menjadi satu fakultas, yaitu FKIP Unud Singaraja yang salah satunya memiliki Jurusan P. IPS dengan empat program studi tersebut mengalami sedikit perubahan, yaitu: PS P. Ekonomi/Koperasi, PS PMP, PS P. Sejarah, dan PS P. Geografi. Dalam perkembangannya, berdasarkan SK Presiden No. 8 Tahun 1993 tertanggal 16 Januari 1993, Status FKIP Unud Singaraja berubah menjadi Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Negeri Singaraja dengan salah satunya memiliki Jurusan Pendidikan IPS dengan empat Program Studi, yaitu: Pendidikan Ekonomi/Koperasi, PPKN, Pendidikan Sejarah, dan Pendidikan Geografi. Delapan tahun kemudian, dengan perjuangan untuk peningkatan status, melalui SK Presiden RI No. 19 12 Tahun 2001 tertanggal 5 Pebruari 2001 STKIP Negeri Singaraja kembali mengalami peningkatan status menjadi IKIP Negeri Singaraja dengan salah satunya memiliki Fakultas Pendidikan IPS dengan empat jurusan, yakni: Pendidikan Ekonomi, PPKN, Pendidikan Sejarah, dan Pendidikan Geografi. 

Dalam perjalanan sejarahnya, IKIP Negeri Singaraja kemudian memperoleh program pengembangan mandat untuk tidak saja dapat mengembangkan program studi kependidikan, tetapi juga boleh mendirikan jurusan/prodi nonpendidikan. Pada saat itu Fakultas Pendidikan IPS IKIP Negeri Singaraja membuka dua jurusan nonpendidikan, yaitu: D3 Akuntansi dan D3 Manajemen Perhotelan. Karena itulah maka dengan kekuatan hukum Peraturan Presiden RI No. 11 Tahun 2006, status IKIP Negeri Singaraja kemudian berubah kembali menjadi Universitas Pendidikan Ganesha (Undiksha). Sejak perubahan satus menjadi Undiksha ini, Fakultas Pendidikan IPS Undiksha kemudian terus membuka jurusan baru bidang nonpendidikan, antara lain: S1 Manajemen dan S1 Akuntansi. Tetapi, dengan penambahan jurusan baru nonpendidikan ini menyebabkan Fakultas Pendidikan IPS justru mengalami pengembangan menjadi dua fakultas, yaitu: Fakultas Ilmu Sosial (FHIS) dan Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB). Fakultas Ilmu Sosial terdiri dari tujuh jurusan, yaitu: S1 PPKn, S1 P. Sejarah, S1 P. Geografi, S1 P. Sosiologi, S1 Ilmu Hukum, D3 Perpustakaan, dan D3 Survey dan Pemetaan. Sedangkan FEB terdiri dari lima jurusan, yakni: S1 P. Ekonomi, S1 Akuntansi, S1 Manajemen, D3 Manajemen Perhotelan, dan D3 Akuntansi.

Pada tahun 2021 berdiri prodi baru di bawah jurusan Geografi yaitu Prodi Geografi berdasarkan SK No. 428/E/O/2021. Lalu D3 Survey dan pemetaan berubah menjadi D4 Teknologi Rekayasa Pencitraan Jauh pada tahun 2022 berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 140/D/OT/2022 Tentang Izin Pembukaan Program Studi Sarjana Terapan pada Universitas Pendidikan Ganesha.